Prowadzenie hurtowni farmaceutycznej jest bardzo specyficznym zajęciem. Wymaga ono przestrzegania wielu określonych zasad i ustaleń, zgodnie z którymi hurtownia musi działać.
Bardzo istotne jest kontrolowanie wszystkich zmian i ich wprowadzenie. Aneks 15 gmp gdy wszedł w życie w pierwszej chwili został uznany za niedotyczący systemów skomputeryzowanych, jednak jego przykład pokazuje jak ważna jest uważność na wszystkie zmiany.
Przede wszystkim hurtownia farmaceutyczna odpowiedzialna jest za dbanie o dostępność wszystkich leków. Jest to podstawa jej działania uregulowana prawnie i jednocześnie stanowi to największą różnicę w stosunku do innych hurtowni, takich jak na przykład spożywcza.
W hurtowni farmaceutycznej nie obowiązują prawa rynku, według których najważniejszy jest popyt i podaż. W takiej hurtowni należy bezwzględnie przestrzegać określonych zasad dotyczących higieny pracy, sposobu przechowywania produktów leczniczych, odpowiedniej temperatury i bezpieczeństwa.
Produkty lecznicze mogą być sprowadzone wyłącznie od bezpośredniego producenta lub z innej hurtowni zajmującej się lekami. Prowadzenia hurtowni farmaceutycznej może teoretycznie podjąć się każdy, lecz obowiązkowe jest zatrudnienie kierownika, który musi mieć przynajmniej dwuletnie doświadczenie w pracy w hurtowni lub w aptece.
Osoba ta odpowiedzialna jest za kierowanie hurtownią i dopilnowanie, aby zachowane zostały wszelkie środki ostrożności, bezpieczeństwa, a hurtownia była odpowiednio zaopatrzona. Warto przejść również szkolenie znakowanie produktów spożywczych, aby mieć cały czas aktualną wiedzę, nawet jeśli teoretycznie nie dotyczy ona tej samej dziedziny.
Hurtownia może prowadzić sprzedaż leków wyłącznie do aptek ogólnodostępnych, punktów aptecznych, szpitali i lelarzy prowadzących prywatną praktykę lub grupową. W przeciwnym razie, za sprzedaż leków w inne miejsca grożą hurtowni poważne konsekwencje. W hurtownoach obowoązują równoeż określone ceny oraz wysokość marży. Kwestie te są dokładnie ustalone i określone przez rząd i hurtownie nie mogą samowolnie ustalać swoich cen po jakich chcą sprzedawać produkty lecznicze.
Jednak zdecydowanie najważniejszą zasadą jest ta, która obowiązuje również apteki, czyli obowiązek zapewnienia dostępu do wszystkich leków dla pacjentów. W związku z tym nie może wystąpić sytuacja braku wybranego leku tylko z powodu jego wcześniejszej niskiej sprzedaży lub całkowitego braku zainteresowania.